南京科維思生物科技有限公司

NGS科研用建庫試劑盒
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M02421T-S/L RNA Seq Library Preparation Kit for Transcriptome Discovery – Ion Torrent Compatible

 流程介紹
      科維思IonTorrent平臺RNA文庫構建試劑盒具有方向性好與流程簡單的優勢該產品實現自動化兼容,6 小時即可完成整個實驗流程。 結合 IonTorrent 平臺的測序速度優勢,本產品提供了一種應用于快速臨床檢測的可能。通過 舍棄額外的步驟,我們成功地降低了 mRNA 樣品建庫的初始量,可用于 FFPE 樣品的 RNA 文庫構建。
 
流程圖
 
 
產品優勢

• 方向性好-保留95%以上方向性信息
• 
簡單的流程-舍棄了第二條cDNA鏈的合成和3‘接頭連接;

• 低初始量-低至1ngmRNAFFPE樣品提取的mRNA

• 快速的測序周期:單管反應,整個建庫僅需6小時,提供臨床科研應用的可能。


產品信息

貨號

產品名

規格

M02421T-S

 RNA Seq Library Preparation Kit for Transcriptome Discovery-Ion Torrent Compatible

12 rxn

M02422T-L

 RNA Seq Library Preparation Kit for Transcriptome Discovery-Ion Torrent Compatible

48 rxn

 
常見問題解答
1. Ion Torrent 平臺的RNA轉錄組建庫流程和Illumina平臺相比有什么不同?
      Ion Torrent 平臺的RNA轉錄組建庫流程和Illumina平臺的共同點在于:有很好的方向性,流程簡單,自動化兼容。不同的是:Ion Torrent平臺的 barcode共有12個,位于RNA方向性文庫的5’端,通過連接5’adaptor連接上去的。
 
2. 在RNA轉錄組建庫流程中用到Gnome Size Selector的原理及用途?
      在RNA轉錄組建庫流程中3次用到Gnome Size Selector。第一次是在RNA5’接頭連接之后,是RNA水平的size selection。目的是去除未連接的5’接頭,并進行緩沖液的置換。第二次是在第一鏈cDNA合成之后,是單鏈cDNA的size selection。目的是去除多余的RT primer,并進行緩沖液的置換。第三次是對PCR產物進行分子量區間的篩選,是更常規意義上的size selection。
      Gnome Size Selector用于RNA及單鏈cDNA的純化,是Gnomegen在使用上的創新。使得RNA文庫構建的簡單流程成為可能。
 
3. RNA斷裂的大致片段區間是多少?
      在我們提供的斷裂體系中,95度5min斷裂的片段大小大概在100-700nt。其中主要片段分布在300-500nt。對分子量區間有其它要求的用戶請聯系技術支持。
 
4. RNA轉錄組樣品制備試劑盒可以用來做降解組實驗嗎?在操作流程上的差別在哪?
      可以。我們已經將流程進行了調整,正在積累數據的階段。在時機成熟的時候會有新產品上市。有興趣的客戶可以聯系技術支持得到更多信息。
 
5. RNA轉錄組樣品制備,PCR需要多少個循環?
      PCR循環數與樣品起始量,及整個流程操作下來RNA的收率有關,不同的人結果不同,所以在做PCR時需要進行一個條件摸索。一般條件下如果是10ng左右的起始mRNA建議做12-15個循環。
 
6. RNA轉錄組樣品制備流程中關于溫度的控制一般在什么儀器上進行?
      建議在PCR儀上進行,這樣有利于溫度的控制。
 
7. RNA轉錄組樣品制備是否有方向性?接頭是怎么加的?
      RNA轉錄組文庫構建是有方向性的。在被斷裂的RNA5’端加上接頭,在合成第一鏈cDNA的時候通過逆轉錄引物引入另一個接頭。這樣生成的第一鏈cDNA的兩端各有一個接頭,mRNA序列對應的5’和3’接頭序列是不一樣的。所以測序得到的結果可以知道序列的走向。
 
8. RNA轉錄組樣品制備,整個流程需要多長時間?原因是為什么?
      RNA轉錄組樣品制備步驟簡單,耗時少,只需要6個小時即可完成。主要步驟為RNA斷裂,5’接頭的連接,第一條cDNA的逆轉錄和PCR擴增及純化。因為減少了第二條cDNA鏈的生成和下游DNA文庫的構建,所以流程大大縮短。
 
9. 高通量測序RNA 轉錄組樣品制備是從Total RNA 起始還是從mRNA起始?如果從mRNA起始,試劑盒中包含提取mRNA的試劑嗎?
      RNA 轉錄組樣品制備是從mRNA起始的,本公司試劑盒中不包含提取mRNA的試劑。建議大家使用SeradynOligo d(T)(貨號:2815-2103-011150)的磁珠,進行兩次純化。
 

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